Задача: получить доступ из R напрямую к данным MySQL.

Для решения понадобятся RTools, библиотеки MySQL и пакет RMySQL.

1. Установка RTools — скачиваете Rtools нужной вам версии и устанавливаете. В процессе установки необходимо включить RTools в пути по умолчанию, для этого поставить галочку на Edit the system PATH.

2. Установка MySQL. Скачиваем Community Server с http://www.mysql.com/, в процессе указываем, что нам нужна в том числе Client library. Запускать как службу mysql не надо, нам по сути только эта library и еще несколько файлов нужны. После установки ищем папку lib в подкаталоге Mysql Server (по умолчанию C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\lib ). Если там нет папки opt, создаем ее. Копируем туда из lib файлы libmysql.dll и libmysql.lib.

3. Прописываем для R пути к MySQL. Создаем, если он еще не создан, файл Renviron.site в каталоге etc в папке с R (по умолчанию C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc). Прописываем туда строку MYSQL_HOME=путь_к_Mysql  . Путь должен быть в форме 8.3, т.е. типа MYSQL_HOME=C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.5 (чтобы увидеть как называется каталог в 8.3. можно использовать dir /x ). Сохраняем файл.

4. Запускаем R (если уже запущен — надо перезапустить, чтобы он прочитал Renviron.site).

5. Устанавливаем RMySQL: install.packages('RMySQL',type='source'). Без type='source' не прокатит.

Если что-то пошло не так:

1. Проверяем через Sys.getenv('MYSQL_HOME'), правильно ли мы указали путь.

2. Скачиваем ручками пакет RMySQL c http://cran.r-project.org/web/packages/RMySQL/index.html (package source)..

3. Запускаем вручную компиляцию пакета:
C:\PROGRA~1\R\R-212~1.1/bin/i386/R CMD INSTALL -l "C:\PROGRA~1\R\R-212~1.1/library"  C:\RMySQL_0.7-5.tar.gz
Смотрим, где возникает ошибка, пытаемся ее решить.

Если все хорошо, то включаем RMySQL и тестируем соединение:

> con <- dbConnect(MySQL(), user="", password="",dbname="", host="")
> dbGetQuery(con, "select * from  table")