«Анализ данных в среде R»

Коллеги, мы рады пригласить вас на серию мастер-классов по анализу данных в среде R, которые пройдут в рамках конференции «Психология XXI века» 26-28 апреля в Санкт-Петербурге.
Особенность R в том, что это – стремительно развивающийся и набирающий популярность язык программирования для статистической обработки данных и работы с графикой. В настоящее время R широко используется как статистическое программное обеспечение для анализа данных и фактически стал стандартом в своей области. Наиболее привлекательные строны языка R – высокая гибкость, огромное сообщество пользователей и разработчиков. Бесплатность пакета делает его серьезной альтернативой таким коммерческим пакетам для анализа данных, как IBM SPSS или Statistica.

Мы предлагаем вам принять участие в нескольких мастер-классах, на которых наши коллеги из МГУ и СПбГУ расскажут об основных принципах R, поделятся опытом решения основных задач, возникающих при анализе данных психологических исследований. Некоторое время будет уделено и новым идеям в сфере анализа данных и представления результатов анализа.

Наша цель – представить психологам-исследователям новый и перспективный инструмент для анализа данных, а также встретиться и познакомиться с теми, кто занимается статистическим анализом данных исследований, интересуется R и новыми идеями в количественной психологии.

Пожелания к участникам
- знание базовых методов анализа данных в психологии или смежных науках (желательно в объеме учебника А.Д.Наследова «Математические методы психологического исследования. Анализ и интерпретация данных» или его аналогах);
- умение работать в каком-либо стат.пакете для анализа данных (SPSS, Statistica, Stata, Matlab, R, SAS и проч.).

Ведущие мастер-классов:

Иван Воронин Психологический институт РАО, лаборатория возрастной психогенетики; МГУ, факультет психологии. Интересы: все, что связано с R и мат.методами

Марат Зайнутдинов СПбГУ, факультет психологии, лаборатория психофизиологии. Интересы: Big data analysis, machine learning, AI

Андрей Четвериков СПбГУ, факультет психологии, лаборатория когнитивной психологии. Интересы: мешанные модели, анализ взаимодействий, контрасты, бутстреп, структурное моделирование, проблемы p, IRT, SDT.

Программа:

26 апреля
18.00-19.00 Иван Воронин Введение в R
19.20-20.20 Марат Зайнутдинов Описательные статистики и проверка гипотез в R

27 апреля
13.00-14.00 Марат Зайнутдинов Многомерные методы: факторный анализ
14.15-15.15 Андрей Четвериков Регрессионный анализ и смешанные модели
15.30-16.30 Андрей Четвериков Графики и представление результатов в R
16.45-18.00 Иван Воронин Literate Statistical Practice продолжение »

Комментариев нет

Although our mental lives involve many conscious states, it is generally recognized that many mental states also occur without being conscious. The difference has to do with whether we are, in some way or other, conscious of the states in question. If one is in no way whatever conscious of a mental state, we do not count that state as being conscious, at least not as we intuitively draw the commonsense distinction between conscious and nonconscious states. It is another question just how we are conscious of those states we do count as conscious, a question that has often divided theorists and to which I will shortly turn. But if one is not at all conscious of a state, that state is not a conscious state.

Rosenthal, D. M. (2000). Consciousness, Content, and Metacognitive Judgments. Consciousness and Cognition, 214, p. 203. doi:10.1006/ccog.2000.0437

Комментариев нет

В ggplot2 версии 0.9.0 добавился интересный вариант визуализации данных — dotplot. По сути это гистограмма, которая отражает напрямую количество наблюдений. Не знаю, как это по другому описать, просто взгляните на график:

Dotplot + density plot, ggplot2

Линиями отражено распределение плотности, «точками» — наблюдения. Шкала x — средняя точность ответов. Данные представлены для двух групп из одного из моих экспериментов. На графике четко видно, что в обеих группах есть люди, которые просто не прочитали инструкцию, или прочитали неправильно (точность 0.1 — правильный ответ на уровне шанса) =)

Делается такой график вполне просто:

> ggplot(data=art_ev_aggr,aes(x=accuracy)) 
+ geom_density(aes(linetype=factor(target_time),y=..scaled..)) 
+ geom_dotplot(dotsize = .5,aes(size=2, fill=factor(target_time)))
+ labs(fill="Target time", linetype="Target time")

Комментариев нет

Некая лаборатория провела исследование, показала, что активация нейронов работавших при аверсивном научении, приводит к активации сходного поведения в новой ситуации. Т.е. если «включить» те клетки, которые работали, когда мышки забегали в новое окружение и получали удар током, мышки замрут и примут защитную позу, «как будто» они снова получили удар током. Посмотрим как изменяются высказывания об исследовании при движении вверх по научной иерархии:

“We wanted to artificially activate a memory without the usual required sensory experience, which provides experimental evidence that even ephemeral phenomena, such as personal memories, reside in the physical machinery of the brain,” adds co-author Steve Ramirez, a graduate student in Tonegawa’s lab.

“We thought we could use this new technology to directly test the hypothesis about memory encoding and storage in a mimicry experiment,” says co-author Xu Liu, a postdoc in Tonegawa’s lab.

«“We demonstrate that behavior based on high-level cognition, such as the expression of a specific memory, can be generated in a mammal by highly specific physical activation of a specific small subpopulation of brain cells, in this case by light,” says Susumu Tonegawa, the Picower Professor of Biology and Neuroscience»

И, наконец, заголовок:
«Researchers show that memories reside in specific brain cells. Simply activating a tiny number of neurons can conjure an entire memory».

Т.е. от «мы хотели доказать, что память находится в мозгу» (боже мой, если вы материалист, то смысла доказывать это нет, а если дуалист, то ничего, собственно, не доказано), с постепенным усложнением терминологии, мы приходим к тому, что «память находится в определенных клетках мозга», что, согласитесь, немного разные вещи.

Комментариев нет

Много страшных слов в заголовке вышло.
Есть 2 (известных мне) способа подключиться к базе данных MySQL ищ R: RMySQL и RODBC. Про RMySQL под Windows я уже писал, под Ubuntu с установкой RMySQL вообще проблем нет (sudo apt-get install r-cran-rmysql). Но у меня почему-то последнюю неделю RMySQL глючит, постоянно выдавая ошибки:

Warning messages:
1: In mysqlFetch(res, n, ...) :
  RS-DBI driver warning: (error while fetching rows)
2: In mysqlQuickSQL(conn, statement, ...) : pending rows

Поэтому я решил попробовать второй способ, RODBC.
Установка:

sudo apt-get install iodbc libmyodbc unixodbc-dev r-cran-rodbc

Запускаем «odbcinst -j»:

unixODBC 2.2.14
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /home/ralfer/.odbc.ini

Редактируем odbcinst.ini, добавляем информацию о драйвере mysql:

[MySQL]
Description     = MySQL driver
Driver          = /usr/lib/odbc/libmyodbc.so
Setup           = /usr/lib/odbc/libodbcmyS.so

Добавляем информацию о подключении в .odbc.ini (USER DATA SOURCES):

[test]
Driver   = MySQL
database = dbname
password = pass
server   = www.host.com
user     = user_name
uid      = user_name

Проверяем:

$ odbcinst -q -s
[test]
$ odbcinst -q -d 
[MySQL]
$ isql test
+---------------------------------------+
| Connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+
SQL>

Запускаем R, подключаем RODBC:

#проверяем наличие подключения
> odbcDataSources()
test      
  "MySQL" 
> library(RODBC)
#подключаемся
> con <-odbcDriverConnect("dsn=test")
> con
RODBC Connection 1
Details:
  case=nochange
  dsn=tests
#запрос делается так
> sqlQuery(con, "запрос")

Все.

Большая часть информации о настройке ODBC почерпнута отсюда.

Комментариев нет