При запуске R настройки считываются из нескольких файлов, которые подробно описаны тут. Для пользовательских настроек предполагается использовать два файла: .Renviron и .Rprofile , которые берутся из рабочей директории или домашней директории юзера. Первый предназначен для хранения переменных окружения, второй — для выполнения команд после запуска. Мои конфиги сейчас выглядят так:

.Renviron:

R_PDFLATEXCMD="~/texlive/2011/bin/x86_64-linux/pdflatex"
R_LATEXCMD="~/texlive/2011/bin/x86_64-linux/latex"
R_HISTSIZE='100000'

Первые две переменных задают пути к latex и pdflatex, третья — размер истории в консоли R.

.Rprofile:

#жесткое задание репозитория
r <- getOption("repos") 
r["CRAN"] <- "http://cran.gis-lab.info"
options(repos = r)
rm(r)
 
#алиасы для команд
s <- base::summary;
h <- utils::head;
n <- base::names;
 
#маленькая функция для загрузки пакетов в определенную директорию
inst.pkg <- function(pkg){
  install.packages(pkg,destdir="~/r-packages/")
}
 
#подгрузка наиболее часто используемых библиотек
library(doBy)
library(ggplot2)
library(car)
library(coin)

В общем, я его только сегодня начал использовать, по мере необходимости буду пополнять. Вот тут люди свои конфиги выкладывали, тоже интересно.