Когнитивная психология и эмоции
Субъективные заметки постдока-психолога
Записи в рубрике «»

Точечная гистограмма в R (dotplot, ggplot2)

25 марта 2012, анализ данных Метки: , , , ,

В ggplot2 версии 0.9.0 добавился интересный вариант визуализации данных — dotplot. По сути это гистограмма, которая отражает напрямую количество наблюдений. Не знаю, как это по другому описать, просто взгляните на график:

Dotplot + density plot, ggplot2

Dotplot + density plot, ggplot2

Линиями отражено распределение плотности, «точками» — наблюдения. Шкала x — средняя точность ответов. Данные представлены для двух групп из одного из моих экспериментов. На графике четко видно, что в обеих группах есть люди, которые просто не прочитали инструкцию, или прочитали неправильно (точность 0.1 — правильный ответ на уровне шанса) =)

Делается такой график вполне просто:

> ggplot(data=art_ev_aggr,aes(x=accuracy)) 
+ geom_density(aes(linetype=factor(target_time),y=..scaled..)) 
+ geom_dotplot(dotsize = .5,aes(size=2, fill=factor(target_time)))
+ labs(fill="Target time", linetype="Target time")

Как делаются научные новости

23 марта 2012, наука Метки:

Некая лаборатория провела исследование, показала, что активация нейронов работавших при аверсивном научении, приводит к активации сходного поведения в новой ситуации. Т.е. если «включить» те клетки, которые работали, когда мышки забегали в новое окружение и получали удар током, мышки замрут и примут защитную позу, «как будто» они снова получили удар током. Посмотрим как изменяются высказывания об исследовании при движении вверх по научной иерархии:

“We wanted to artificially activate a memory without the usual required sensory experience, which provides experimental evidence that even ephemeral phenomena, such as personal memories, reside in the physical machinery of the brain,” adds co-author Steve Ramirez, a graduate student in Tonegawa’s lab.

“We thought we could use this new technology to directly test the hypothesis about memory encoding and storage in a mimicry experiment,” says co-author Xu Liu, a postdoc in Tonegawa’s lab.

«“We demonstrate that behavior based on high-level cognition, such as the expression of a specific memory, can be generated in a mammal by highly specific physical activation of a specific small subpopulation of brain cells, in this case by light,” says Susumu Tonegawa, the Picower Professor of Biology and Neuroscience»

И, наконец, заголовок:
«Researchers show that memories reside in specific brain cells. Simply activating a tiny number of neurons can conjure an entire memory».

Т.е. от «мы хотели доказать, что память находится в мозгу» (боже мой, если вы материалист, то смысла доказывать это нет, а если дуалист, то ничего, собственно, не доказано), с постепенным усложнением терминологии, мы приходим к тому, что «память находится в определенных клетках мозга», что, согласитесь, немного разные вещи.

Подключение к MySQL в R под Ubuntu с использованием RODBC

22 марта 2012, анализ данных Метки: , , ,

Много страшных слов в заголовке вышло.
Есть 2 (известных мне) способа подключиться к базе данных MySQL ищ R: RMySQL и RODBC. Про RMySQL под Windows я уже писал, под Ubuntu с установкой RMySQL вообще проблем нет (sudo apt-get install r-cran-rmysql). Но у меня почему-то последнюю неделю RMySQL глючит, постоянно выдавая ошибки:

Warning messages:
1: In mysqlFetch(res, n, ...) :
  RS-DBI driver warning: (error while fetching rows)
2: In mysqlQuickSQL(conn, statement, ...) : pending rows

Поэтому я решил попробовать второй способ, RODBC.
Установка:

sudo apt-get install iodbc libmyodbc unixodbc-dev r-cran-rodbc

Запускаем «odbcinst -j»:

unixODBC 2.2.14
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /home/ralfer/.odbc.ini

Редактируем odbcinst.ini, добавляем информацию о драйвере mysql:

[MySQL]
Description     = MySQL driver
Driver          = /usr/lib/odbc/libmyodbc.so
Setup           = /usr/lib/odbc/libodbcmyS.so

Добавляем информацию о подключении в .odbc.ini (USER DATA SOURCES):

[test]
Driver   = MySQL
database = dbname
password = pass
server   = www.host.com
user     = user_name
uid      = user_name

Проверяем:

$ odbcinst -q -s
[test]
$ odbcinst -q -d 
[MySQL]
$ isql test
+---------------------------------------+
| Connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+
SQL>

Запускаем R, подключаем RODBC:

#проверяем наличие подключения
> odbcDataSources()
test      
  "MySQL" 
> library(RODBC)
#подключаемся
> con <-odbcDriverConnect("dsn=test")
> con
RODBC Connection 1
Details:
  case=nochange
  dsn=tests
#запрос делается так
> sqlQuery(con, "запрос")

Все.

Большая часть информации о настройке ODBC почерпнута отсюда.

UPD: В случае ошибки «Can’t open lib ‘/usr/lib/odbc/libmyodbc.so’ : file not found» , найдите у себя libmyodbc.so и сделайте линк.

Ethics in scientific publishing

21 марта 2012, наука Метки:
Definition Solution
Plagiarism Taking the work of another. Copying a figure, table, data, or even wording from a published or unpublished article without attribution. Provide citations to the work of others. Do not copy exact wording from another’s article to yours, even if referenced, unless in quotes.
Double Publication Double publication involves repeat publication or attempts at publication of text, figures, or data in any form of publicly available media without citation in the later article. It also involves repeat publication of material that has appeared in book chapters or symposium. Do not submit the same article or parts of that article to more than one journal at a time. Wait until your article is rejected or withdraw it before submitting elsewhere.
Redundant Publication Using data from another article (usually your own) in a new article. Also called auto- or self-plagiarism. Do not use data from a previous study, even for statistical analysis. Repeat necessary control groups for each experiment.
Falsification/Fabrication Changing or making up data in an article, usually to improve the results of the experiment. Paper should reflect exactly the protocol followed and the results obtained in the experiment.

http://www.arvo.org/eweb/arvo/pdf/EthicsPoster.pdf

Не бегайте, не прыгайте, не пойте, не пляшите, когда идет строительство или подвешен груз.

Arnold Trehub’s answer

10 марта 2012, сознание Метки: ,

The key question is what distinguishes conscious representations from non-conscious representations. My answer is that conscious representations can only be representations in relation to a locus of perspectival origin (the core self, I!) within a global volumetric medium. In the retinoid theory of consciousness, this is retinoid space. Moreover, this (retinoid) brain space *must* be innate because organisms have no sensory transducers to detect the space they live in. I might add that contra arguments by some (I have argued this issue with Aaron Sloman), such a coherent volumetric space CANNOT be constructed via learning. Consciousness depends on the evolutionary emergence of a system of brain mechanisms that can provide an innate internal representation of the space a creature lives in, from its own privileged egocentric perspective (e.g., a retinoid system). Activation of this neuronal space alone generates a primitive phenomenal experience of an “empty” world that will subsequently be enriched by the excitatory input of sensory patterns from the non-conscious sensory modalities. (c)

Еще б понять смысл этого высказывания